聚丙烯酰胺絮凝剂发现无机絮凝剂絮凝能力较有机高分子絮凝剂有较大差距。无机絮凝剂受pH变化影响较大，生成的絮体易碎，处理后的水中仍残留含有较高浓度的金属离子，同时产生大量的含金属污泥，需要进一步的复杂处理步骤。铝盐的摄入量直接与人体安全关系，铝盐系列的絮凝剂使用的安全性受到了质疑。无机絮凝剂在使用过程中的不安全性和给环境造成的潜在二次污染越来越引起人们的重视。

有机合成高分子絮凝剂则往往需要进行化学改性，在研究和应用上有较大的局限性。人工合成的有机高分子絮凝剂，如聚丙烯酰胺等本身没有毒性，但其不易被生物降解而影响后续处理，其累积将造成二次污染；单体丙烯酰胺的残留令人担忧，这类高聚物的残余单体具有“三致”效应（致畸、致癌、致突变），许多国家已禁止或限量使用此类絮凝剂。　　

聚丙烯酰胺絮凝剂认为虽然微生物絮凝剂在处理废水方面有着突出的优越性，而且许多学者对它的大规模生产和应用做出了乐观的预测，但是从工业化生产的角度看，目前国内外的微生物絮凝剂研究还存在着如下问题：
（１）絮凝机理的研究尚无重大突破。
（２）测定絮凝剂活性的指标单一。
（３）微生物絮凝剂的工业化进程举步维艰。究其原因主要有：培养基成本高；微生物絮凝剂的产率低；以及对条件的要求苛刻等